高效液相色谱仪的工作原理是流动相在累加器是高压泵入系统，样品溶液进入流动相，取样器是流动相在色谱柱（固定相），由于各种组件的样品溶液两个阶段有不同的分配系数，相对运动的两个阶段，经过几次的吸附-解吸过程中，各组分在移动速度上的分布有很大的差异，从逸出的色谱柱中分离出各个组分，通过检测器，将样品浓度转换成电信号发送到记录仪，数据以地图的形式打印出来。
LC液相色谱仪不适合温度环境。通常，操作要求可在室温下为5~35℃才能满足。通常，湿度环境需要在20%到85%之间。在高湿度地区，当使用某些类型的气相色谱仪时，由于环境湿度高，会降低气相色谱仪的绝缘性能，如果操作灵敏度高，响应值会降低。员工在使用气相色谱仪时，遇到上述现象应采取必要的措施。
高效液相色谱仪系统由储液器、泵、采样器、柱、检测器和记录仪组成。累加器中的流动相是高压泵入系统，样品溶液进入流动相，取样器是流动相在色谱柱（固定相），由于各种组件的样品溶液两个阶段有不同的分配系数，相对运动的两个阶段，经过几次的吸附-解吸过程中，组件的分布在移动速度上有很大的差异，LC液相色谱仪从色谱柱中分离出单独的组分，通过检测器，将样品浓度转换成电信号发送到记录仪，数据以图形的形式打印出来。液相色谱仪主要包括采样系统、输液系统、分离系统、检测系统和数据处理系统。
为LC液相色谱仪进样口和检测器类型选择柱尺寸和垫片材料；避免重复使用气相色谱仪垫片；使用合适的切柱工具（如陶瓷板或金刚石刀）切柱；在气相色谱柱安装进进样口和检测器之前，确保色谱柱清洁平整；应制造商要求安装气相色谱仪，并在进气口与检测器之间的适当距离插入色谱柱；气相色谱柱必须置于色谱柱上，毛细管柱的任何部分不得接触色谱柱壁。确保烘箱所有接头在加热前不漏水，载气中无氧；通过注射检查LC液相色谱柱是否安装正确，不保留化合物或使用气相色谱仪软件程序，并设置载气的线性流量。